يتكون الهيكل الإداري من هيئات عديدة وأولها: مجلس الأمناء.
أ. مهام مجلس الأمناء:
1. الإشراف على الشؤون الإدارية والمالية والعلمية للجامعة، وتولِّي وضع السياسة العامة التي تسير عليها، وله أن يتخذ القرارات المناسبة لتحقيق الأغراض التي قامت من أجلها الجامعة.
2. اتخاذ الخطوات اللازمة لتوثيق الصلة والتعاون بين الأمانة العامة لمنظمة التعاون الإسلامي ودولة المقر لتحقيق رسالة الجامعة،
3. اتخاذ القرارات لحل أية مشكلة تواجهها الجامعة في علاقاتها مع دولة المقر أو الأمانة العامة لمنظمة التعاون الإسلامي أو أية جهة أخرى،
4. التجاوز وعدم التقيد ببعض اللوائح الأكاديمية والإدارية والمالية إذا اقتضت المصلحة ذلك، وكذلك استحداث أية وظيفة جديدة تدعو إليها الحاجة،
5. إقرار اللوائح الخاصة بالجامعة،
6. الموافقة على الاقتراحات المتعلقة بإنشاء كليات أو معاهد جديدة، أو بإنشاء أقسام جديدة داخل الكليات والمعاهد،
7. الموافقة على مشروع الميزانية،
8. وضع الأنظمة واللوائح الخاصة بأعضاء هيئة التدريس والموظفين،
9. وضع الرسوم الجامعية،
10. تعديل النظام الأساسي للجامعة،
11. الموافقة على الحسابات الختامية للجامعة،
12. تعيين رئيس الجامعة وإعفاؤه من منصبه،
13. تعيين نائبي رئيس الجامعة وعمداء الكليات ومديري المعاهد وإعفاؤهم من مناصبهم،
ويجوز لمجلس الأمناء إنشاء لجان متخصصة لدراسة أو معالجة موضوعات أو مسائل محددة.
ب- قائمة أعضاء مجلس الأمناء:
يتكوّن مجلس الأمناء من عشرين عضوًا، يرشح الأمين لمنظمة التعاون الإسلامي أربعة منهم من بين النخبة الإسلامية من أي دولة يراها، وترشح حكومة جمهورية النيجر أربعة أعضاء من الشخصيات الإسلامية بدولة النيجر، ويتمّ تقديم هؤلاء المترشحين إلى أول دورة قادمة لمؤتمر وزراء خارجية الدول الأعضاء بالمنظمة لإصدار موافقته على تعيينهم، أما الباقون فهم كما يلي:
§ الأمين العام لمنظمة التعاون الإسلامي،
§ رئيس المجلس الدائم لصندوق التضامن الإسلامي،
§ رئيس البنك الإسلامي للتنمية،
§ المدير العام للمنظمة الإسلامية للتربية والعلوم والثقافة،
§ رئيس شركة اقرأ للتنمية والنشر والتوزيع،
§ رئيس الجامعة،
§ عضو من هيئة التدريس يتمّ ترشيحه من قبل مجلس الجامعة،
§ أربعة أعضاء يختارهم ويعيّنهم مجلس الأمناء من بين الشخصيات المعروفة،
§ ممثل عن طلبة الجامعة بصفة ملاحظ،
ويمكن لمجلس الأمناء أن يستدعي لحضور اجتماعاته، بصفة ملاحظ، من يراه مناسبًا من الشخصيات الإسلامية العالمية وممثلي بعض الهيئات العلمية أو الخيرية.